La protección del ambiente acuático requiere un sinnúmero de tareas diferentes entre sí, una de las más importantes es el estudio científico de nuestras aguas.

La investigación científica no solo genera el conocimiento necesario para la protección de nuestros ríos y mares sino también permite la formación de recursos humanos dentro y fuera de la Institución, a través de convenios y acuerdos con prestigiosas universidades y centros de investigación del país.

La Prefectura da a conocer los resultados de sus investigaciones a través de su participación en congresos, convenciones, talleres y publicaciones en revistas científicas de reconocimiento internacional.